Auf den ersten Blick würde ich sagen, deine Installation ist fehlerhaft, z.b. die große Instalationsdatei wurde unvollständig herruntergeladen. Oder die ini-Dateien sind fehlerhaft, die beiden findest du unter: "%USERPROFILE%\Documents\My games\skyrim".
Skyrim.ini und SkyrimPrefs.ini
Diese beiden Dateien kannst du einfach löschen, sie werden beim nächsten Start wieder neu und richtig erstellt.
Was die Skyrimmods betrifft, die sollten in den allermeisten Fällen nicht schuld sein, da sie bei der Installation von Enderal genau wie der Hauptteil von Skyrim vorher gesichert und dann entfernt werden. Das wird auch während der Installation so gemeldet.
Du kannst Skyrim bei einer Deinstallation von Enderal wiederherstellen, mit deinen Mods.
Eine ganz andere Option wäre eine sogenannte doppete Installation, wenn du häufiger und mit weniger Aufwand umschalten wolltest.
Dazu bei Bedar dann mehr.
Ich hoffe mal, du hast nicht nach der Enderal-Installation diese Skyrim-Mods installiert, die meisten dürften eh inkompatibel sein.
So etwas kann auch passieren, wenn man z.b. den NexusModManager falsch bedient, nachdem Enderal installiert wurde.
Am besten benutzt du für Enderal gar keine Mods oder nur diese, die garantiert für die aktuelle Enderal-Version geschrieben wurden.
Außerdem solltest du bei Enderal niemals die Reparatur von Skyrim über Steam starten, denn das zerstört Enderal mit Sicherheit.
Eine Möglichkeit, die Ursache zu finden, wäre die Launcher.log hier hochzuladen, wenn du die oben genannten Fehler nicht hast.
Dann können wir mehr versuchen. Du findest sie unter \Steam\SteamApps\common\Skyrim\EnderalLauncher\system\log\Launcher.log