die Meldung sagt nur, dass eine Mod ein neues Menü unter dem Eintrag MCM erstellt hat

das wird das von Enderal selbst sein;
wenn die Meldung jetzt erst kommt, hieße das, dass du schon eine Weile nicht mehr gespielt bzw aktualisiert hast,
kommt das hin?
sind Spiel und Launcher auf jetzt dem aktuellen Patch?
bei mir ist jedenfalls alles da, wo es hingehört.
lösch mal bitte die beiden ini aus
...\Documents\My Games\Skyrim
die werden vom Spiel beim Neustart neu erstellt.