Dann schlage ich vor Radikal Lösung. Enderal deinstallieren (nicht archivieren), Skyrim deinstallieren, verbleibende Restordner manuell löschen, Skyrim über Steam ganz neu installieren und dann Enderal drauf. Ich weiß dauert leider...
Wichtig sind aktueller Launcher (A55) und ein unbeschädigtes Datenpaket (am besten funzt da wohl der torrent download nach den Erfahrungen hier). Dann updaten über den Launcher.
Eventuell mag es noch hilfreich sein den Schreibschutz des Skyrim Ordners manuell zu entfernen (sollte eigentlich der Launcher machen) weil den setzt Steam immer automatisch.