Naja, das ist nicht einfach zu bewerkstelligen. Ich würde entweder einen Dual Boot einrichten - also zwei mal WIndows auf einem System, zwischen denen man dann beim Hochfahren des Systems auswählen kann, eins für Enderal, das andere für Skyrim. Beide Spiele greifen auf die Spieldateien zu, die unter "C:\Users\Yossarian\Documents\My Games\Skyrim" liegen. Das ist das eigentliche Problem. Ich weiß nicht, ob die Windows-Benutzerverwaltung das alles sauber trennt. Ist aber vielleicht ein Experimant wert.
Nimmt man Mod Organizer und erstellt ein Enderal-Profil und ein Skyrim-Profil, bekommt man das Problem, daß man in den Profilen die Dateien der beiden Spiele strikt getrennt halten muß, was bei Updates von Enderal ein Problem wird. Den Enderal-Launcher kann man nämlich nur mit Mod Organizer 2 starten, weil der Enderal-Launcher 64-bittig ist, Mod Organizer 1 aber nur 32 Bit beherrscht.
Und den Enderal-Launcher vom Mod Organizer 2 aus zu starten, wäre zwingend nötig, damit er die Updates zum Spiel nicht direkt ins Spielverzeichnis installiert, denn das würde Skyrim aus dem Tritt bringen. Nur: Mod Organizer 2 kann noch keine Profile korrekt getrennt verwalten. Er greift immer noch auf die Spiele-Dateien unter dem oben angegebenen Pfad zu. Also selbst, wenn Du 2 getrennte Profile in MO 2 einrichten würdest, gäbe es ein Kuddelmuddel mit den Ini-Dateien, und alle Saves - die von Enderal und die von Skyrim - würden im selben Ordner landen.
Dann gibt es noch die Möglichkeit, immer wieder per Launcher Skyrim wiederherzustellen, wenn man es spielen will und das selbe mit Enderal auch zu tun, wenn Du das spielen willst. Ich bezweifle aber stark, daß das eine stabile Lösung ist, wenn man auch modden will und auch Dateien im Spieleverzeichnis selber ändert/hinzufügt (z. B. ENBs oder so). Ich habe das Switchen per Launcher aber selber noch nicht versucht.
tl;dr
Ich halte tatsächlich ein Dual Boot für die einfachere Variante, wenn Du das irgendwie einrichten kannst.