Kann ich auch nicht sagen, manchmal sind die Zusammenhänge zwischen Mods und Bugs äußerst merkwürdig. Durch irgendeine größere Modifikation (Bara Suul glaub ich) gingen auch ein paar bestimmte Schalter in der Schattengott-Quest nicht mehr, obwohl Bara Suul früher herauskam...
Daher --> deaktiviere mal alle Mods, die nicht zwangsläufig notwendig sind (z.B. Mod-Rassen) und teste dann nochmal, ob sich was ändert.
Ich guck mir währenddessen deinen Spielstand auch mal an.
EDIT: Also bei mir kann ich keine Fehler feststellen. Ich habe die entsprechenden Runen aus der Truhe genommen, und alle konnte ich aktivieren und so die Zauber erlernen. Wie gesagt, deaktiviere einfach mal alle Mods, oder zumindest die, die du verdächtigst.