Wunderheilung (zumindest zum Teil)
Dein Launcher.log sieht vollkommen in Ordnung aus.
Das mit den saves bleibt aber dennoch mysteriös (die saves der beiden Enderal Versionen sind untereinander nicht kompatibel). Irgend etwa scheint blockiert.
Du kannst mal überprüfen ob in der Enderal.ini der korrekte Speicherpfad eingetragen ist.
Dort sollte (oben unter General) bei der SE stehen
SLocalSavePath=..\Enderal Special Edition\Saves\
Möglicherweise stört dort auch der Windows Schreibschutz (neben deinem Antiviren Programm aber dieses hast du ja bereits überprüft).
Den kannst du auf dem Ordner wo die inis sind und für dein Spieleverzeichnis manuell entfernen.
Rechtsklick auf den Ordner, unter "Allgemein" den Haken bei "Schreibgeschützt" entfernen, übernehmen, OK.
Du kannst auch versuchen die beiden ini Dateien (Enderal.ini und EnderalPrefs.ini) danach einfach mal zu löschen. Sie werden nach Neustart des Spiels automatisch neu erstellt.