Ich verwende MO2 nicht für Enderal, von da her weiß ich nicht, was dein Problem ist. Dafür können wir keinen Support geben.
Die Änderungen des letzten kleinen Patches bezog sich eigentlich nur auf eine kleine spielinterne Sache, meines Wissens nach nicht der Launcher.
Allerdings verwundert es micht, das die Mods nicht im Launcher auftauchen, wenn sie denn installiert sind.
Schaue dort sonst noch mal im Launcher\Spieldateien nach, ebenso, ob deine esp-Dateien im Data-Ordner stehen.