Solage du in die Console nicht Racemenu oder ähnliches eingegeben hast, kenne ich nur einen Mod zum zurücksetzen der Fähigkeiten.
-Du sagst, die Steine sind noch so aktiv, wie du sie gelevelt hast?
-Auch deine Handwerkspunkte/Lernpunkte hast du nicht zurückbekommen?
Dann wirds vermutlich ein Skyrimbug oder oben der genannte Befehl sein, der falsch angewendet wurde.
Versuche einmal ältere Spielstände, wie siehts damit aus?