SKSE ist in Enderal enthalten, also nicht nochmal installieren, sonst bekommst du eventuell Versionskonflikte.
Kurzfassung einer sauberen Neuinstallation:
1. Speicherstände sichern!
(wenn du Mods mit dem NMM instaliert hast, kannst du sie darüber löschen, wenn du dir vorher zur Sicherheit eine Liste machst)
2. Enderal deinstallieren, Skyrim deinstalieren, (über Enderal-Launcher, danach über Skyrim-Uninstall)
3. Skyrim-Spiele-Ordner manuell löschen.
Standartmäßig also: "Steam-Installationsordner"\Steam\SteamApps\common\Skyrim
(wenn du auf Nummer sicher gehen willst auch diese:
C:\Users\"Benutzername"\Documents\My Games\skyrim, aber nur die einzelnen -.ini-Dateien, nicht zwingend den Save-Ordner darin.
C:\Users\"Benutzername"\AppData\Local\skyrim, das sind deine Modeinstelungen, also merken, was es war, fals wichtig.
4. Skyrim über Steam neu instalieren (dauert), dann kurz anstarten zum Erzeugen der wichtigsten Einstellungen.
5. Enderal wie beschrieben neu instalieren, auch kurz anstarten ohne Speicherstand, ggf.Launchereinstellungen machen.
6. ggf. Speicherstände wieder herstellen aus Sicherung, falls versehentlich gelöscht., danach eventuell Enderal komplett sichern.
Achtung: 7. eventuelle Mods auf eigene Gefahr installieren, möglichst nur mit Enderal erstellte/getestete, sonst war alles umsonst.
(Einige Mods sind aber durch Updates eventuell inkompatibel geworden)
Viel Glück und viel Spaß