SkyUI ist in Enderal enthalten, nur eben nicht als eigenständige Mod.
Von daher müßten die meisten Mods trotzdem laufen, aber sie werden wohl meist aus anderen Gründen nicht mal eben funktionieren.
In den allermeisten Fällen müsten sie an Endereal angepasst werden (nicht mehr vorhandene oder eventuell geänderte Items/Quest jeglicher Art, andere Landschaften/Cellen, bis hin zu Engine-Änderungen und vieles mehr führen meist zu Fehlern, die nicht immer sofort sichtbar sind).
Es ist eine geänderte und damit meist inkompatibele Master-Datei + andere Archive.