Mods kommen direkt ins Data-Verzeichniss, damit hast du es schon mal richtig gemacht. (wie auch in Skyrim-Classik)
Der Mods-Ordner ist glaube für Mods aus Bethesda-Beständen, also von deren Webseite. Das der leer bleibt, kannst du ignorieren.
Wenn du im Skyrim-SE-Hauptmenü bist, siehst du ja den Punkt Mods (hinter der auch nach Anmeldung gefragt wird).
Die Anmeldung ist meiner Info dafür gut, das Bethesda schneller an deine selbsterstellten Mods kommt, genau wie beim neuen CK.
Das also einfach ignorieren! unten hast du ca 3 Schaltflächen, eine davon ist Ladereihenfolge.
(dabei sollte kein Spielstand geladen sein, da bei Änderungen ein Neustart erfolgt)
Solltest du esp-Dateien im Ornder Data haben, tauchen die dort auf, [Enter] aktiviert oder deaktiviert diese.
Maus oder Pfeiltasten schalten Hoch oder Runter.
Damit hast du eigentlich alles erreicht.
Solltest du Mods einsetzen wollen, die SKSE benötigen, kannst du es mit der Version für SkyrimSe probieren, obs klappt ist fraglich.
Solltest du Mods einsetzen, die eigene BSA-Dateien benötigen, müstest du diese entpacken und auch nach Data kopieren.
(Ordnerstuktur brachten!) Zum Entpacken gibts diverse Tools, ich würde für alte BSA-Dateien den
BSA-Unpacker nehmen.
Oder du hast den CK von Bethesda für SE von deren Webseite? Der machts nicht einfacher, zumindest für Leute ohne Erfahrung.
Wenn deine alten Mods spezielle Scripte haben, könnte es auch Probleme geben. Ohne Beispiele ists schlecht zu sagen.
Testweise installieren und schauen obs geht.
Alles in allem wäre
NexusModManager nicht die schlechteste Wahl, egal ob Mods von deren Webseite oder zur manuelle installation
eigener Mods. Damit ist die Gefahr von Resten einer nicht-kompatibelen Mod bei Deinstallation gering.
Ich hoffe es bring dich weiter und viel Glück.
PS: wenn du mit Mods spielst, kommen glaube keine "Erfolge" bei Steam.