Wie meinst du archiviert?
Hast du den Ordner Skyrim (mit Enderal) irgendwohin kopiert und dann deinstalliert oder über den Enderal-Launcher mit Sicherung von Enderal?
1. Im Hauptordner von ...\Steam\SteamApps\common\Skyrim bleiben soweit ich weis von Enderal Dateien bei der Deinstallation mit dem Launcher übrig, z.b. SKSE und ähnliches.
Das bekommst du weg (solange du nicht genau weist, was es alles ist), wenn du Skyrim deinstalierst
und danach den Ordner Skyrim an der Stelle löscht.
Skyrim erstellst du neu durch eine komplette Neuinstallation/Reparatur durch Steam. (Dauert ne Weile, da neuer Download)
2. Ausserdem bleiben eventuell irgendwelche Ini-Einträge im Ordner C:\Benutzer\(User)\Eigene Dokumente\My Games\Skyrim übrig.
Notfalls alle 3 löschen, die Ini.Dateien (z.B. Skyrim.ini) werden bei Neustart mit dem Skyrim-Launcher neu erstellt und eingerichtet.
Den SkyrimLauncher nicht zum Start von Enderal nutzen, nur für original Skyrim.
(Achtung, in dem Ordner befinden sich auch alle Save-Dateien, pass auf deine Spielstände auf, ggf. extra sichern.)
Ich vermute, letzteres reicht bei deinem Problem, da es sich warscheinlich nur um Reste von Einstellungen handelt.
Eine manuelle Sicherung von allem (Enderal und Spielstände) wird damit nicht angerührt. solange du "andere Ordner!!" dafür nutzt.
Die neue Skyrim-SE sollte hoffentlich damit nichts zu tun haben, da andere Ordner.