Das Handwerk in Enderal scheint noch ziemlich verbuggt (mal abgesehen davon dass ich das balancing für arg verbesserungswürdig halte etwa im Vergleich zu Skyrim mit entsprechendem Skill. Handwerk lohnt sich kaum...! Aber das ist ein anderes Thema).
Es gibt wohl diverse Sachen soweit ich hier gelesen habe und auch selbst erfahren musste die sich nicht verbessern lassen (Rüstungsteile wie Handschuhe oder Stiefel).
Was deine bereits verzauberte Axt angeht hilft dir vielleicht diese Mod (damit kann man selbst verzauberte Sachen verbessern):
http://www.nexusmods.com/skyrim/mods/77364/?
Ich persönlich hatte für mich auch noch diese installiert (für gefundene bereits verzauberte Sachen. Die kann man sonst auch nicht verbessern. Funktioniert sogar bei den Sets):
http://www.nexusmods.com/skyrim/mods/77496/?
Beides lief bei mir ohne Probleme.
Zu dem Thema Items oder Rüstungsteile die Handwerk verbessern sollten kann ich nur sagen Effekt gleich null (ich hatte z.B. einen Helm gefunden der 30% bringen sollte...Betonung auf sollte...).
Was man relativ frühzeitig finden kann (natürlich vor allem Set Gegenstände) ist mindestens gleichwertig oder deutlich besser als die selbst geschmiedeten Sachen. Das betrifft ja auch Verzauberungen.