Für alle, die ähnliche Probleme haben: (das ist eine Bastel-Lösung, nicht für ModdAnfänger empfehlenswert, kein Support !!)
Aktuell habe ich Enderal in einen anderen Ordner kopiert und danach Skyrim sauber neu installiert.
Wenn ich jetzt alles richtig einstelle, aufgeteilt auf 2 verschiedene Windows-Benutzer(Win7), kann ich mit dem einen Enderal und mit dem anderen Skyrim spielen, ohne das sich da was beisst. Bei beiden kann ich Zusatz-Mods und Einstellungen ändern, ausserdem bleiben so die Savegames getrennt. (vorher sollte Enderal allerdings komplett eingestellt sein und halbwegs stabil laufen)
Bei (Nexus)Modmanagern muss man allerdings ein bischen aufpassen, das der möglichst nur eine Version erkennt, sonst zickts.
Skyrim reparieren (Steam)ist so bei mir auch nicht mehr schlimm, da Steam die Kopie nicht mehr anrührt.
Aus einer Skyrim-Kopie! kann man alternativ auch in diesem neuem Ordner per Launcher Enderal installiern, dafür müsste der Launcher im neuen Ordner gestartet werden, ggf. mit AdminRechten.
Meine 2. Skyrim Kauf-Version ist so allerdings sinnlos geworden.