Auch wenn ich mich mit MO nicht beschäftigt habe, weiß ich nur, das MO2 das irgendwann richtig unterstützen sollte.
Ob es schon soweit ist?
Andere Frage, sind den deine MOD-esp´s im Enderal\Data-Ordner?, fals ja und sie trotzdem nicht im Launcher zur Auswahl stehen, würde ich sagen, mit denen stimmt irgend etwas (noch?) nicht.
Falls nein, hast du MO wohl nicht richtig eingestellt oder eine inkompatibele Version.
Ein Spielstart über MO, also ohne Launcher? würde ich unbedingt vermeiden, daher ich nicht sicher sagen kann,
ob ein Redirekt oder Steam-Erweiterungen dann sauber funktionieren. Ich wäre da vorsichtig.
Wenn MO richtig funktioniert, würde das vermutlich für Enderal nicht direkt TESV.exe oder skse_loader.exe starten, sondern direkt den Launcher.