did you delete the skyrim.ini as stuemper suggested?
Skyrim should have created a new one on launch.
it's still the one Enderal uses, much longer and there are other Masterfiles listed.
if deleting it doesn't work, open it and look for this paragraph
- [+] +
-
[Archive]
bInvalidateOlderFiles=1
sResourceArchiveList=Skyrim - Misc.bsa, Skyrim - Shaders.bsa, Skyrim - Textures.bsa, Skyrim - Interface.bsa, Skyrim - Animations.bsa, Skyrim - Meshes.bsa, Skyrim - Sounds.bsa
sResourceArchiveList2=EEN - MeshesLOD.bsa, EEN - Meshes.bsa, EEN - Music.bsa, EEN - Scripts.bsa, EEN - SoundFX.bsa, EEN - SoundVoice.bsa, EEN - SoundExtra.bsa, EEN - TexturesLOD.bsa, EEN - Textures1.bsa, EEN - Textures2.bsa, EEN - Textures3.bsa
type a
; right in front of
sResourceArchiveList2, save the document and try starting Skyrim again.