Also wechselst du mit dem Mod-Organizer zwischen den Versionen, ok, den hatte ich nie gebraucht.
Ich hatte auch früher schon komplett parallele Installationen (Morrowind+ Arktwend+Myar Arnath, Oblivion+Nehrim, 1 System).
Alternativ kann man auch Switcheroo nur auf den Savegame-Ordner beschränken, wenn man etwas Wissen über Batchdateien hat.
Das wäre in deinem Falle wohl eine praktikable Lösung.
Du darfst danach nur nicht vergessen, nach jeder Umschaltung per Mod-Organizer auch die richtige Batch anzuklicken.
(die ersetzt in dem Falle das Umbenennen durch automatische Verknüpfungen, JunkLink genannt, ab Win7)
Edit:
habs mal umgesetzt,
diese Version ändert nur das Savegameverzeichnis, also eine neue Batch je Spieleversion.
Installation:
Der ganze Ordnerinhalt von
...\Documents\My Games\Skyrim gehört für
- Skyrim nach ...\Documents\My Games\SkyrimSky
- Enderal nach ...\Documents\My Games\SkyrimEnd
Der eigentliche Ordner
...\Documents\My Games\Skyrim sollte danach ganz leer sein, sonst Fehlermeldung!
Jetzt eine der beiden -.bat-Dateien starten, die System-Verknüpfung wird so automatisch erstellt.
Die beiden Dateien kannst du z.B. auch auf den Destop legen und von da aus starten.
Denke, das sollte auch für dich machbar sein, so mußt du nichts mehr in der Batch einstellen oder wie bisher laufend Umbenennen.
(Spieleinstellungen sind so inbegriffen)